房产管理部门对存在争议的房产进行产权登记，属于违法行政行为，行政相对人可以通过行政诉讼的方式，请求人民法院予以撤销。房产管理部门在受理产权登记申请后，应当遵循实质审查的原则，对申请人的材料和房产进行形式和实质两个方面的审查，只有房产来源清晰、没有争议、手续合法时，方可予以登记。
一、房产产权登记实质审查与形式审查
房产行政主管部门在进行产权登记时，应当进行实质审查还是形式审查曾经有争论。一种观点认为，房产管理部门应当对申请人提供的申请材料是否真实、合法、有效进行全面的审查，通过审查确定房产的真正权利人，并在此基础上决定是否予以登记；另一种观点认为，房产管理部门仅仅需要对申请人提交的申请材料是否齐全，是否符合法律法规的要求进行审查并在此基础上决定是否予以登记，整个过程不涉及审查实质权利人的问题。
二、房产产权登记审查内容
1、商品房、经适房、拆迁房：买方身份证件复印件；购房发票；契税完税单；（拆迁返房）原房屋权属证书或房产来源证明；（拆迁返房）拆迁补偿协议书及结算书；（商品房、经济适用房）商品房买卖合同；（经济适用房）经济适用房购房申请表；房地产产权登记申请表；房地产登记部门认为应当提交的其他资料。
2、自建房：申请人身份证件复印件；土地证（建设用地批准书）复印件；建设工程规划许可证及附件附图复印件 ；施工许可证复印件；竣工验收备案表 ；房屋建筑面积测量计算报告；有权部门出具的楼幢号证明；竣工总平面图和分层平面图；房地产产权登记申请表 ；房地产登记部门认为应当提交的其他资料。
3、集资建房：提交与自建房1-10项相同材料办理初始预登记后：市房改办产权核定意见书；契税完税(减免税)凭证;集资建房协议；集资建房办证通知书；集资建房专用票据；集资建房登记申请表。
4、房改房：身份证明；原房屋所有权证、共有权证；出售公有住房合同书；国有土地使用证或相应证明；公有住房出售计价表；出售公有住房产权交易通知书；收款银行对帐单；公有住房出售登记申请表；出售公有住房专用票据。
三、房产登记审查标准
国家施行土地使用权和房屋所有权登记发证制度，登记机关应当对申请人进行审查，只有权属清晰、没有争议，产权来源材料齐全、证件齐全、手续完备的才能予以房屋产权登记。
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